醫(yī)院信息系統(tǒng)細分可以包括四類子系統(tǒng)：

行政管理系統(tǒng)：包括財務(wù)管理系統(tǒng)，人事管理系統(tǒng)，藥庫管理系統(tǒng)，醫(yī)療設(shè)備管理系統(tǒng)，后勤管理系統(tǒng)，門診、手術(shù)及住院預(yù)約系統(tǒng)，病人住院管理系統(tǒng)（PAS）等。

醫(yī)療管理系統(tǒng)：包括門診，影像文件系統(tǒng)（PACS、RIS），急診管理系統(tǒng)（HIS），臨床信息系統(tǒng)(CIS)，病案管理系統(tǒng)(EMR)，血庫管理系統(tǒng)等醫(yī)療統(tǒng)計系統(tǒng)。

決策支持系統(tǒng)：包括醫(yī)療質(zhì)量評價系統(tǒng)，醫(yī)療質(zhì)量控制系統(tǒng)等。

各種輔助系統(tǒng)：如醫(yī)療情報檢索系統(tǒng)，醫(yī)療數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)等。

HIS：醫(yī)院信息管理系統(tǒng)（ Hospital Information System）。主要利用計算機軟硬件、網(wǎng)絡(luò)通訊等現(xiàn)代化技術(shù)手段，對醫(yī)院及其所屬各部門的人流、物流、財流進行綜合管理，并對在醫(yī)療活動階段中產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進行采集、存儲、處理、提取、傳輸、匯總、加工，生成各種信息，從而為醫(yī)院的整體運行提供全面、自動化的管理及各種服務(wù)。

CIS：臨床信息系統(tǒng)（Clinical Information System）。它是支持醫(yī)院醫(yī)護人員的臨床活動，收集和處理病人的臨床醫(yī)療信息，豐富和積累臨床醫(yī)學(xué)知識，并提供臨床咨詢、輔助診療、輔助臨床決策，提高醫(yī)護人員的工作效率，為病人提供更多、更快、更好的服務(wù)。像醫(yī)囑處理系統(tǒng)、病人床邊系統(tǒng)、醫(yī)生工作站系統(tǒng)、實驗室系統(tǒng)、藥物咨詢系統(tǒng)等就屬于CIS范圍。

臨床信息系統(tǒng)CIS相對于醫(yī)院信息系統(tǒng)HIS而言，是兩個不同的概念。HIS是面向醫(yī)院管理的，是以醫(yī)院的人、財、物為中心，以重復(fù)性的事物務(wù)處理為基本管理單元，以醫(yī)院各級管理人員為服務(wù)對象，以實現(xiàn)醫(yī)院信息化管理、提高醫(yī)院管理效益為目的。而CIS是面向臨床醫(yī)療管理的，是以病人為中心，以基于醫(yī)學(xué)知識的醫(yī)療過程處理為基本管理單元，以醫(yī)院的醫(yī)務(wù)人員為服務(wù)對象，以提高醫(yī)療質(zhì)量、實現(xiàn)醫(yī)院最大效益為目的。

LIS：實驗室信息管理系統(tǒng)(Laboratory Information Management System,)，是專為醫(yī)院檢驗科設(shè)計的一套信息管理系統(tǒng)，能將實驗儀器與計算機組成網(wǎng)絡(luò)，使病人樣品登錄、實驗數(shù)據(jù)存取、報告審核、打印分發(fā)，實驗數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析等繁雜的操作過程實現(xiàn)了智能化、自動化和規(guī)范化管理。有助于提高實驗室的整體管理水平，減少漏洞，提高檢驗質(zhì)量。

EMR：電子病歷（EMR,Electronic Medical Record）也叫計算機化的病案系統(tǒng)或稱基于計算機的病人記錄（CPR,Computer-Based Patient Record）。它是用電子設(shè)備（計算機、健康卡等）保存、管理、傳輸和重現(xiàn)的數(shù)字化的醫(yī)療記錄，用以取代手寫紙張病歷。它的內(nèi)容包括紙張病歷的所有信息。美國國立醫(yī)學(xué)研究所將定義為：EMR是基于一個特定系統(tǒng)的電子化病人記錄， 該系統(tǒng)提供用戶訪問完整準確的數(shù)據(jù)、警示、提示和臨床決策支持系統(tǒng)的能力。

PACS：影像歸檔和通信系統(tǒng)（Picture Archiving and Communication Systems）。它是應(yīng)用在醫(yī)院影像科室的系統(tǒng)，主要的任務(wù)就是把日常產(chǎn)生的各種醫(yī)學(xué)影像（包括核磁，CT，超聲，各種X光機，各種紅外儀、顯微儀等設(shè)備產(chǎn)生的圖像）通過各種接口（模擬，DICOM，網(wǎng)絡(luò)）以數(shù)字化的方式海量保存起來，當(dāng)需要的時候在一定的授權(quán)下能夠很快的調(diào)回使用，同時增加一些輔助診斷管理功能。它在各種影像設(shè)備間傳輸數(shù)據(jù)和組織存儲數(shù)據(jù)具有重要作用。

RIS：放射科信息系統(tǒng)(Radiology Information System)，是醫(yī)院重要的醫(yī)學(xué)影像學(xué)信息系統(tǒng)之一，它與PACS系統(tǒng)共同構(gòu)成醫(yī)學(xué)影像學(xué)的信息化環(huán)境。放射科信息系統(tǒng)是基于醫(yī)院影像科室工作流程的任務(wù)執(zhí)行過程管理的計算機信息系統(tǒng)，主要實現(xiàn)醫(yī)學(xué)影像學(xué)檢驗工作流程的計算機網(wǎng)絡(luò)化控制、管理和醫(yī)學(xué)圖文信息的共享，并在此基礎(chǔ)上實現(xiàn)遠程醫(yī)療。

CAD：臨床結(jié)構(gòu)化文檔，是IHE中的一個內(nèi)容，跟前面的東西都不是一類。它定義了跨機構(gòu)、跨系統(tǒng)的醫(yī)療文書信息交換的“文檔結(jié)構(gòu)”，不涉及交換文檔的內(nèi)容信息標準。

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